The idea to create this "Gen'e home" web site came from the need to exchange our point of view and our experience to try to understand how "Evolution" works and more precisely how interact "Genome and Environnement" in the evolution of life.
Last modified: 21 Janvier 2011
Personnal pages:
Last news in our research...
Caroline COSTEDOAT
Andre GILLES
...Du théorique vers l'appliqué
Nicolas PECH
Lab page:
- Développement d'une technique non destructrice en écologie des eaux douces: le "barcoding" alimentaire.
Les techniques de barcoding environnementaux facilitent depuis plusieurs années les détermination taxonomiques d'organismes prélevés lors d'échantillonnages dans des milieux naturels. Cependant cette technique peut être étendue à d'autres matrice d'ADN. En effet, l'amplification d'ADN à partir de contenus fécaux rend possible la détection des proies ingérées par un prédateur, apportant ainsi une information qualitative de son régime alimentaire. Nous avons développé cette approche dans le cadre de l'étude du régime alimentaire de plusieurs espèces de cyprinidae, Chondrostoma toxostoma toxostoma, Chondrostoma nasus nasus et Barbus barbus, dans un écosystème de type rivière de plusieurs bassins versants, Seine, Allier, Garonne et Ain. Cette méthode non-invasive présente de larges perspectives d'utilisation , notamment quant à son extension vers d'autres modèles d'études et l'intérêt de son application dans un contexte de conservation des espèces.
Cette approche va notamment nous permettre de définir le régime alimentaire des Chondrostomes et de leurs hybrides au sein des zones hybrides (Durance et Ardèche) en utilisant des populations échantillonnées en allopatrie comme référence (Thèse E. Corse, 2010).
Emmanuel Corse, Doctorant, IMEP UMR 6116 Equipe EGE
- Développement de 55 nouveaux marqueurs microsatellites pour une espèce à haute valeur patrimoniale: l'apron du Rhône (Zingel asper L.; Percidae).
European Journal of Wildlife Research (submitted)
Cette étude s'inscrit dans un contexte global de suivi de cette espèce à l'heure où la polémique fait rage dans la région PACA...
Vincent Dubut, ATER, IMEP UMR 6116 Equipe EGE
- Etude de l'hybridation entre Chondrostoma toxostoma toxostoma (le toxostome) et Chondrostoma nasus nasus (le hotu)
Chondrostoma t. toxostoma
Hybride Chondrostoma n. nasus
Cavaillon Pertuis Manosque Buech
Nous avons identifiés 65 combinaisons hybrides différentes dans la Durance, qui se répartissent différemment dans l'espace et dans le temps (fig.6, Costedoat et al. Plos One 2007):
L'étude de la morphologie plastique nous a permis de mettre en évidence en "effet Durance" sur la forme globale du corps quelle que soit l'identification des individus (hotu, toxostome ou hybrides) indiquant de fortes pressions environnementales (fig.7, Costedoat et al. Plos One 2007). Cependant trop peu de données nous ont permis de définir le régime alimentaire des deux espèces et de leurs hybrides.
L'étude de la forme de la bouche nous a permis de mettre en évidence également un "effet Durance" sur les Chondrostomes de la zone hybride (Corse et al. Frontiers in zoology 2009)
Malgré un effet espèce et un effet "treatment" (c'est à dire différence entre allopatrie et sympatrie), les isotopes stables ne nous ont pas permis d'aller plus loin dans l'étude du régime alimentaire des Chondrostomes (Corse et al. Frontiers in zoology 2009).

Il est donc à ce stade devenu impératif de mettre au point une méthode non-invasive (puisque nous sommes en plus dans le cadre d'espèces protégées) et plus fine afin de décrypter le comportement alimentaire des deux espèces et de leurs hybrides. D'où le développement du "barcoding alimentaire" (Cf. plus haut dans la page).